میانکاله برای دوّمین سال پیاپی شاهد مرگ  تعداد زیادی از پرندگان مهاجر بوده است. در سال ۹۸ بیش از ۵۰ هزار پرنده مهاجر در تالاب میانکاله به دلیل مسمویت سم بوتولیسم از بین رفتند، محیط‌زیست مازندران علت تلفات مشکوک چند هزار پرنده مهاجر زمستان‌گذران در تالاب بین‌المللی میانکاله را مسمومیت غذایی اعلام کرد و منشاء این مسمومیت غذایی نوعی باکتری است که در پرندگان بویژه از گونه‌های چنگر و فلامینگو که از جلبک‌ها و پلانگتون‌ها تغذیه می‌کنند ایجاد می‌شود. بعضی از فعالان محیط زیست علت مرگ پرندگان را ورود فاضلاب‌های شهری و صنعتی به داخل تالاب میدانند اما سازمان دامپزشکی کشور این گمانه‌زنی فعالان محیط زیستی رد کرد و علت اصلی مرگ و میر پرندگان مهاجر را سم بوتولیسم و عامل آن را تغییر اکوسیستم، کم شدن سطح آب وتغییر توازن آب شور و آب شیرین و کاهش اکسیژن آب دانست. مجموع تلفات پرندگان مهاجر جمع آوری شده تا تاریخ ۲۰ اسفند ۹۹ به ۳۷ هزار و ۲۴۱ قطعه رسیده است. جمع آوری لاشه پرندگان مهاجر آبزی از تاریخ ۹ بهمن ماه ۹۹ همچنان بصورت روزانه در حال انجام است.